方差分析总体是显著的，但事后检验发现不显著一般是由于总体的显著性水平接近于0.05，事后检验方法又选择了Bonferroni法等校正显著性水平的方法，这个时候可以按照不显著去讨论，如果想要显著性的结果，则选择LSD法进行事后检验。

与此相对应的问题还有方差分析总体是不显著的，但事后检验发现两两之间又具有显著性差异。这一般是因此总体接近边缘显著，事后检验选择了LSD法，这是LSD法会犯一类错误的体现。一般来讲总体不显著则无需关注事后检验结果。